Exchange server 2007 i 2013 nelze upgradovat přímo na daném serveru na Exchange server 2013. Exchange server 2013 je třeba nainstalovat na nový (jiný server), kde Exchange instalován není, poté ho zapojit do struktury organizace, přenést všechny schránky a požadované informace na nový server a starý server odinstalovat.
V aktuální době (11.1.2014) není možné instalovat Exchange server 2013 na Windows Server 2012 R2, tato podpora bude umožněna až s vydáním SP1 pro Exchnage server 2013.
SP1 pro Exchange server 2013 byl konečně uvolněn, stahovat můžete z http://www.microsoft.com/en-us/download/details.aspx?id=41994